过滤作为鱼缸过滤系统的第一道门户，在防止鱼粪、饲料残渣和不溶性颗粒再次进入水中污染水质方面发挥着重要作用，为硝化细菌的生化反应创造了有利条件。是下一个过滤系统的基础。然而，由于物理过滤并不直接参与硝化细菌的生化反应，因此常被许多养鱼朋友所忽视。
通常用于物理过滤的过滤材料通常包括白棉，黑棉和藤棉。放置在过滤槽中的白棉需要达到一定的厚度，以提高拦截能力。如果白棉的厚度不足或水流过强，都会使废物直接通过物理过滤区，导致物理拦截失败。
下水水流强度要尽量降低
只有降低水流强度，才能增强实际截留能力，提高白棉的有效利用率。通俗地说，就是增加雨淋管的开孔密度，使水流均匀分散，水流强度下降。残渣和鱼粪就不会在水流作用下，不经白棉直接进入生物过滤区。或在出水口套一只丝袜，可以有效的将食物残渣等杂质阻挡在丝袜内，后期再通过清洗丝袜即可，这样同样也可以降低下水水流强度。
采用干湿分离的过滤形式
白棉如果浸泡在水中，会削弱物理截留，被污染的白棉和废弃物会迅速污染整个水体。同时，也将定期更换白棉，并尽快更换受污染的棉花。为了尽可能减少水污染，一般换白棉以十六字方针为主，即“上换下不换，下换上不换，换棉不换水，换水不换棉”。
应当利用滴流过滤
这样可以充分爆气，增加溶解氧，使二氧化碳更容易逃逸，延长水的酸化时间，更适合饲养大型观赏鱼。但是，这样会不太美观，滴架架设在鱼缸后方，没有足够的高度又很难完全发挥滴流过滤的优势，就看你怎么看待这个问题了。
当然了，要想让系统一直完美运行也不大可能，所以在物理过滤区要设置一个起防堵作用的溢流区，以避免堵塞引起不必要的损失。
