鱼缸里的过滤棉一般五到七天就要洗一次。清洗过滤棉时取鱼缸中的水轻轻揉搓过滤棉，把附着的颗粒物、杂质洗掉即可，不宜用自来水，避免硝化细菌被冲掉。过滤棉清洗后会逐渐变薄，根据其发旧程度可1~3个月更换一次。
过滤棉中含有大量孔隙，不仅是能过于鱼缸水中杂质，还能让硝化细菌附着，提供其繁殖的温床，所以在清洗过滤棉时，最好不要用自来水冲洗，应取一部分鱼缸中的水，放在小盆里，放入过滤棉进行漂洗，可适当揉搓，不可用力，让过滤棉上的杂质漂浮到水面，再将过滤棉拧干即可。
清洗过滤棉，夏季可以频繁一点，气温高时水中杂质容易腐烂变质，每3~4天将过滤棉漂洗一下，能有效保持鱼缸水质。也可以直接在每次换水时适当用原缸水冲洗过滤棉。
不同材质的过滤棉使用寿命不同。合成纤维材质的过滤棉一般一个月就要更换一次，聚酯泡沫材质的过滤棉则可使用3个月，生化棉一类使用寿命可达6个月。发现鱼缸过滤效果差，或过滤棉已经发黄、有异味，则应及时更换过滤棉。
更换鱼缸过滤棉时，不要同时将所有的过滤棉一起换掉，应分批更换，鱼缸中必须保留一定的硝化细菌来维持水质，让旧的过滤棉上的硝化细菌进行繁殖后，才能更换部分新的过滤棉。
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